対象ファイル数にソフトウエア的な制限はありません。
メモリを使えるだけ使って指定されたファイルを全て処理しようと試みます。
「送る」でファイルやフォルダを指定する場合はWindowsによる制限があります。
大量のファイルをリネームする場合はそれなりの時間がかかるため、
他の操作を行わずに待つ必要があると思います。
CPU使用率が100%になってすぐ終了しないと判断されている場合、
ファイル数にもよりますが数十分単位で待ってみていただけませんか?
もしくはファイル数が少なくなるように選択してお使いいただけたらと思います。